Mikan Sakura este o fetiță normală de 10 ani. Optimistă, energică și, per total, o copilă foarte dulce, Mikan este exact opusul lui Hotaru Imai, distantă, inteligentă și oarecum rece. În ciuda diferențelor lor evidente, cele două fete sunt cele mai bune prietene de foarte mult timp. Așa că, atunci când Hotaru se transferă brusc la Academia Alice, o școală prestigioasă din oraș, cea mai bună prietenă a ei este devastată - mai ales când aude de zvonurile oribile despre tratamentul dur aplicat elevilor de către academie. Cuprinsă de îngrijorare, Mikan fuge să-și vadă cea mai bună prietenă!
La sosirea ei, Mikan află despre „Alice”, persoane înzestrate cu diverse abilități supranaturale, și că școala este o instituție construită de guvern pentru a le antrena și proteja. Descoperind că are propriile puteri unice, Mikan se înscrie la academie și, după multe probleme, se reunește în sfârșit cu Hotaru.
Gakuen Alice este o comedie emoționantă care urmărește aventurile lui Mikan și ale prietenelor ei în academie, precum și încercarea lor de a descoperi misterele din jurul elevei problematice, Natsume Hyuuga, care mânuiește focul.
